Zmęczony życiem Wolverine czuje się zagubiony w świecie, w którym zdziesiątkowani mutanci X-Men żyją na marginesie społeczności ludzkiej. Jego mentor Charles Xavier (Patrick Stewart - seria "Star Trek"), znany jako Profesor X, przekonuje go, by wziął udział w ostatniej misji, w której stawką jest życie młodej dziewczyny, jedynej nadziei rasy mutantów.